电子工程系是东伟德国际1946源于英国最早成立的系科之一，设有自动化、机器人工程、电子科学与技术、电子信息工程四个专业，东南大学相关学科专家担任专业负责人，部分教授参加现场教学，全面指导大学生人才培养及师资力量建设。
自动化专业
自动化专业依托东南大学自动化及机器人工程专业资源，围绕国家战略需求和学生个人兴趣发展培养智能信息处理与自动化技术方面的综合创新人才。专业以自动控制理论为基础，计算机硬软件与通信技术相结合为应用特色，通过电子信息技术、电力电子技术、传感器与自动检测技术、计算机系统与接口技术、网络与通信技术、人工智能与机器人、系统工程等核心课程构建覆盖智能感知、决策与控制、智能驱动执行、人机交互、数字通信等环节的理论和实践教学体系；专业配有电工电子、自动化与智能机器人等专业实验室，结合组织在电子信息与电气等领域的课外研学与计算机算法、电子设计、智能车、机器人等竞赛活动实践学习，形成具有较宽知识面和一定创新能力的高素质应用型人才的科学培养。自动化专业毕业生具有扎实的自动化与智能化系统理论与工程设计应用能力、计算机软硬件与电气电子系统实践动手能力和一定的信息技术领域创新创业能力，可在计算机嵌入式系统与网络通信领域胜任系统、软件、算法应用及研发工程师等职业岗位，也可在综合自动化与智能机器人领域担任系统设计与集成应用工程师，如软件开发、电子与自动化设备、汽车等智能制造企业及电力、地铁、铁路等运行企业和行业。近年来。自动化专业毕业生除部分在国内外高校继续深造攻读研究生学位和在中小规模企业从事计算机硬软件技术开发工作外，主要就业单位有国电南瑞、国电南自、中国南车、上汽名爵、南京地铁、菲尼克斯电气、OITS电梯等规模企业及少量事业单位。
机器人工程专业
机器人工程专业依托东南大学优势资源，借助东南大学机器人工程专业师资队伍。本专业将通过专业课程、编程实训、企业实习等方式进行综合特色培养，使学生掌握机器人系统基础知识、工程规范与基本应用技能。机器人工程是集机电一体化、人工智能与控制、计算机、新材料等众多学科于一体的交叉学科，以产学研结合的特色发展方式为依托，应用于智能制造和人类服务领域。学生毕业后能够独立从事机器人工程技术及相关领域的科学研究、工程设计、技术开发、系统运行与维护和生产管理工作，成为在机器人及自动化、智能化相关领域从事机器人系统设计与开发、系统集成与调试、应用维护、技术支持和管理等方面工作的应用型高级专业技术人才。
电子科学与技术专业
电子科学与技术专业是江苏省独立伟德国际1946源于英国专业综合评估星级专业。该专业充分依托东南大学电子科学与工程伟德国际1946源于英国微电子专业、集成电路伟德国际1946源于英国集成电路专业的办学优势，重点面向当前社会就业热点，培养社会紧缺的应用型技术人才。本专业以集成电路应用型人才培养为目标，采取产教融合的方式将集成电路产业的技术进步快速地加以总结和提炼，并融入人才培养全过程中；通过校地融合的方式积极争取各种社会资源，紧密依托毗邻南京集成电路产业服务中心，建设资源共享平台，实现优势互补；以跨专业融合为特征的人才培养方式，形成与之相适应的知识结构与能力要求，满足集成电路产业综合性强、与多门学科技术和学科专业间的不可分割的密切关系的要求。
电子信息工程专业
电子信息工程专业是江苏省独立伟德国际1946源于英国专业综合评估星级专业。本专业依托东南大学信息科学与工程伟德国际1946源于英国学科优势和办学资源以及在宁兄弟院校的部分优质资源，顺应电子信息产业高速发展和跨界转型的需要，紧贴现代技术发展，致力于培养具有扎实的专业理论基础、掌握多种现代通信和信息系统监测、控制、管理和处理等技术，工程应用能力过硬，能够独立从事电子信息系统和设备的设计与开发的高素质应用型人才。